آیت‌الله نکونام از مجتهدین خوش‌فکر حوزه علمیه قم پس از آنکه چند ماه برای معالجه‌ی بیماری‌های متعدد از زندان اوین به مرخصی آمده بود درگذشت. آیت‌الله نکونام چندین سال در زندان‌های اوین و قم محبوس بود. یک‌بار در زندان دچار سکته مغزی شده بود. آیت‌الله محمدرضا نکونام از محضر علمای زیادی فیض برده و فقه و عرفان را در هم آمیخته است. وی از شاگردان برجسته مرحوم امام خمینی بود که به دلیل اختلاف نظر فقهی با روحانیون حکومتی، تحت پیگردهای امنیتی و قضایی قرار گرفت و دچار سالها زندان و محدودیت‌های زیادی شد.
