با توجه به اعلام هشدار مراکز امنیتی ایران به تحت تعقیب و تهدید بودن هنیه توسط اسرائیل، هنیه بلافاصله پس از ورود به تهران، تحت شدیدترین اسکورت حفاظتی قرار گرفته و در یک پروتکل امنیتی استثنایی علاوه بر یگان ویژه پلیس حفاظت شخصیت‌ها، نیروهای سپاه حفاظت انصار المهدی (حفاظت ریاست جمهوری) و اطلاعات سپاه نیز در اسکورت وی حضور داشته‌اند و او اسکورتی بزرگتر از اسکورت مقامات دیگر داشته.
هنیه پس از بازدید ۴ ساعته از نمایشگاهی در محدوده برج میلاد، حدود ساعت ۹ شب به اقامتگاهش برده می‌شود.
محل اقامت اختصاصی او «مهمانسرای ایثار» واقع در یک مجتمع متعلق به سپاه، واقع در زعفرانیه، خیابان نیاز زاده، خیابان تنابنده در مجاورت کاخ سعد آباد بوده، و مهمانسرا تحت محاصره امنیتی بوده.
در ساعت ۱.۴۵ بامداد، توسط یک پهپاد کوچک، دقیقا به اتاق هنیه شلیک می‌شود که موجب کشته شدن او و محافظش می‌شود.
[گفته شده او از طریق موبایلش که خط قطر بوده، نقطه‌یابی شده. اما این سطح از دقت در یافتن محل دقیق هدف در یک مهمانسرای بزرگ، نشان از گرا دادن از داخل سپاه است
