در سایه حکمرانی ضد زیست‌محیطی جمهوری اسلامی، تالاب انزلی به دلیل ورود حجم زیاد فاضلاب آلوده شده و در معرض خطر جدی قرار گرفته است.
استفاده مشترک از شبکه‌های آب سطحی و فاضلاب و سرازیر شدن شن و ماسه در هنگام بارندگی شدید، از معضلاتی است که این تالاب بین‌المللی را تهدید می‌کند.
