حمید فرخنژاد بعد از انتشار پستهای تند و کوبنده علیه علی خامنهای، با حملات کاربران ارزشی و سایبری حکومتی در فضای مجازی مواجه شده به طوری که این کاربران از شدت خشم و عصبانیت نسبت به انتقادات تند فرخنژاد درباره علی خامنهای به صفحه ویکیپدیا او حمله کردهاند و جملات تهدیدآمیزی را علیه او نوشتند.