علی شمخانی در دورانی که وزیر دفاع بود، دو معاون به نام‌های علیرضا اکبری و علیرضا عسگری داشت که یکی به جرم جاسوسی برای اسرائیل اعدام و دیگری ناپدید شد. شمخانی خود نیز در دهه ۸۰ به‌خاطر پرونده عسگری که گفته می‌شد به اسرائیل فرار کرد، به اتهام جاسوسی بازداشت شد. پس از اعدام اکبری نیز مجددا پرونده اتهام جاسوسی علیه شمخانی بازگشایی شد. حالا با زنده ماندن او در حمله اسرائیل، گروهی از حامیان خامنه‌ای می‌گویند شمخانی جاسوس اصلی اسرائیل بوده و اوست که مکان دقیق منزل و جلسه فرماندهان ارشد نظامی را لو داده است.
